De acordo com o seu Regulamento Interno, são atribuições do GMS:
- A defesa dos interesses das Santas Casas de Misericórdia aderentes no Sector da Saúde, através de acções concertadas e/ou em sua representação, junto de entidades públicas, sociais ou privadas, de cariz nacional ou internacional;
- A elaboração de estudos e orientações no Sector da Saúde, designadamente de cariz técnico-científico, jurídico e económico-financeiro;
- A negociação e celebração de Protocolos com entidades públicas, sociais e privadas que possam abranger a actividade das Misericórdias;
- A participação, de forma complementar e subsidiária, no apoio à gestão de Unidades de Saúde das Misericórdias;
- O apoio à participação em concursos do Sector da Saúde, nomeadamente no domínio das parcerias público-privadas.